滤材的选用
首先按照所要卫生级不锈钢过滤器过滤的流体化学名称，依化学配合禁忌找出可用的滤材，再针对其操作温度，操作压力，酸碱值，操作条件 ( 如，是否须要耐受蒸汽，热水或化学品杀菌等 ) ，逐一评估，并剔除不适用之滤材。
用途也是一个重要的考虑因素，比方药品、食品或化妆品用之滤材必须是 FDA 准许的材质；超纯水则须挑选纯净、不含有释出物会影响比阻抗的活性炭过滤器滤材；过滤气体则须挑选疏水性材质以及是否需要“卫生级过滤 ”设计等等。
过滤精密度
这是一个最令人困扰的问题。比方，要除去肉眼可见的颗粒，要选用 25 微米过滤器；要除去液体中云状物，要选用 1 微米或 5 微米过滤器；要滤除最小的细菌则需 0.2 微米的过滤器。 问题在于有两种过滤精度单位：绝对精度／公称精度 .
绝对精度／公称精度
绝对精度是指能 100% 滤除所标示精度之颗粒。对任何一种过滤器而言，这几乎是一个不可能达到，而且不实际的标准，因为 100% 是一个无穷大的值。市面上通称的绝对过滤器如薄膜等，严格地说，只能称“趋近于绝对”的活性炭过滤器 , 而其它则皆属于公称精度，公称精度，这才是主要的困扰所在 :“公称精度并没有一个业者共同认定并遵行的标准”。也就是说甲公司可以把公称精度订在 85%～95% ，而乙公司却宁可订在 50%～70% 。换句话说，甲公司的 25 微米过滤精度可能等于乙公司的 5 微米，或者更细。
对此问题，有经验的专业过滤器供应商会有助于过滤精度之选择，而根本解决之道是“试用”。
过滤估算
依照过滤温度时的粘度，专业过滤设备供应商可以计算出需要多大的过滤器，滤袋承担多大的流速以及预测其初期压降若干。若能提供流体中杂质含量，甚至可以预估其过滤寿命。
过滤系统之设计
这个标题牵涉范围较广，比方应该选用那一种压力来源，需要多大的压力，是否需要装两套过滤器并联，以适合连续性操作之系统，对粒径分布宽广的场合应如何搭配粗滤与精滤，系统中是否须要装逆止阀或其他装置等等。这些都需要使用单位与过滤器供应商密切配合，共同找出最恰当的设计。
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